-->
Menu
  • Info Lab Medik
  • Info Lab Medik

Info Lowongan Pekerjaan

Tokoh

Download

Selamat Datang

Selamat datang di Info Laboratorium Medik, situs berisi informasi seputar dunia TLM (Teknologi Laboratorium Medik) seperti Acara Seminar/Workshop, Materi Kuliah, Lowongan Pekerjaan, dan Berita terbaru seputar dunia Laboratorium Klinik.
Apa Itu Neutralizing Antibody (NAb) ?. SARS-CoV-2, virus penyebab COVID-19 yang muncul pada akhir tahun 2019, dinyatakan sebagai pandemi global pada tanggal 11 Maret 2020. Dengan lebih dari 120 juta kasus dan 2,6 juta kematian diseluruh dunia, hingga saat ini, pandemik COVID-19 menjadi krisis kesehatan global terparah saat ini. Pandemi global COVID-19 mendesak seluruh komunitas ilmiah dan medis untuk mengerti dan mengenali virus baru ini dan penyakit yang ditimbulkannya.  Banyak penelitian yang telah dilakukan mengenai struktur, mekanisme kerja, penyakit yang ditimbulkannya, pengobatan, dan banyak hal lainnya mengenai virus SARS-CoV-2 agar dapat menanggulangi pandemi global ini sesegera mungkin. 

Apa Itu Neutralizing Antibody (NAb) ?
Ilustrasi. (Foto :https://www.scienceboard.net/)



Fokus baru yang muncul saat ini adalah untuk meningkatkan respon imun seseorang untuk melawan infeksi COVID-19. Dengan diketahuinya mekanisme infeksi virus SARS-CoV-2, para peneliti di negara-negara maju mulai mengembangkan vaksin COVID-19. Pengetahuan tentang imunitas yang didapat pasca infeksi maupun vaksinasi diharapkan dapat menjadi acuan untuk kebijakan dan strategi yang efektif dalam pengendallian pandemi ini. Hampir semua vaksin COVID-19 saat ini dikembangkan dengan menargetkan S protein untuk merangsang timbulnya neutralizing antibody (NAb) yang dapat mencegah infeksi virus SARS-CoV-2 pada manusia.


Mekanisme Infeksi Virus SARS-CoV-2 pada Manusia


Penularan COVID-19 terjadi melalui droplet yang keluar saat batuk atau bersin. Selain menginfeksi saluran pernafasan, virus SARS-CoV-2 juga telah terbukti menginfeksi saluran pencernaan berdasarkan hasil biopsi pada sel epitel gaster, duodenum, dan rektum. Pada benda mati, virus ini dapat stabil pada bahan plastik dan stainless steel  (> 72 jam), tembaga (4 jam), dan kardus (24 jam). Oleh karena itu, transmisi virus SARS-CoV-2 antar individu dapat terjadi dengan sangat cepat. 


Virus SARS CoV-2 harus terlebih dahulu memasuki sel manusia untuk melakukan infeksi. Pada awalnya, virus melekat pada sel inang (manusia) dengan berikatan pada suatu molekul reseptor yang disebut  angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). Reseptor ACE2 adalah reseptor yang paling rentan terhadap infeksi. Bagian virus yang menempel pada reseptor ini adalah protein spike (S) virus, tepatnya pada bagian receptor binding domain (RBD) yang berada pada domain S1. Setelah terjadi pelekatan, virus akan membentuk jalur yang kemudian digunakan untuk melepaskan asam nukleat (RNA) ke dalam sel manusia dan melakukan perbanyakan diri (replikasi). Bagian virus yang menyatu dengan sel manusia untuk membentuk jalur tersebut ialah domain S2. Pada tahap ini, manusia sudah bisa dikatakan dalam keadaan "terinfeksi" dan sistem imun dalam tubuh manusia akan mulai aktif bekerja untuk melawan virus penyebab infeksi. 


Imunitas dan Antibodi

Secara alami, tubuh manusia akan memberikan perlawanan apabila ada benda asing yang masuk kedalam tubuh, dalam hal ini virus SARS-CoV-2. Perlawanan tubuh ini akan membentuk suatu kekebalan tubuh atau disebut juga sebagai imunitas. Imunitas terhadap infeksi virus adalah gabungan dari respon imun seluler dan humoral. Produksi antibodi berfungsi sebagai ciri khas dari respon imun humoral. 

Antibodi, yang biasa disebut immunoglobulin, merupakan suatu senyawa protein pelindung yang diproduksi oleh sistem imun sebagai respon terhadap kehadiran substansi asing (antigen), misalnya patogen. Antibodi mengenali dan menandai suatu antigen untuk menyingkirkan antigen tersebut dari dalam tubuh. Antibodi diproduksi dan dihasilkan oleh sel B (limfosit). Antibodi dapat ditemukan dalam plasma darah dan cairan ekstraseluller. 


Antibodi (immunoglobulin) juga dapat diklasifikasikan ke dalam 5 isotipe, yaitu IgG, IgA, IgM, IgD, dan IgE. Setiap isotipe dibedakan berdasarkan karakter dan perannya masing-masing. Fungsi utama antibodi, antara lain :
  • Antibodi menginaktivasi substansi asing, seperti patogen dan racun (Neutralization) --> contohnya, Neutralizing antibody (NAb) sangat penting untuk perlindungan tubuh dari virus, karena dapat mencegah virus menginfeksi sel. NAb juga merupakan mekanisme perlindungan primer setelah vaksinasi.
  • Antibodi memfasilitasi fagositosis substansi asing oleh sel fagositik (Opsonization)-- contohnya, Binding antibody tidak dapat mencegah infeksi virus, namun antibodi ini dapat berguna sebagai indikator diagnostik (label, penanda) apakah suatu individu terinfeksi atau tidak. Setelah terjadi infeksi, binding antibody akan menempel pada suatu bagian virus dan membentuk aktivitas sistem imun lainnya, seperti sel darah putih untuk menghancurkan antigen tersebut dengan fagositosis aleh makrofag dan neutrofil. 
  • Antibodi menghancurkan patogen melalui proses lisis dan peningkatan kemotaksis.

Antibodi memiliki kemampuan untuk menetralisir virus, namun tidak semua jenis antibodi memiliki kemampuan tersebut. Hasil penelitian Wan et al. (2020) menyatakan bahwa dari 729 kandidat antibodi yang dihasilkan oleh suatu sel, hanya 178 yang positif menargetkan S-RBD virus SARS-CoV-2 dan ditemukan hanya 11 antibodi yang memiliki kemampuan menetralisir virus. 


Neutralizing Antibody (NAb)

Neutralizing Antibody (NAb) merupakan salah satu jenis antobodi dalam tubuh manusia yang memiliki kemampuan khusus, yaitu kemampuan menetralisir patogen (virus). Netralisir didefinisikan sebagai hilangnya kemampuan suatu virus untuk menginfeksi sel inang. Pada tubuh yang sudah memiliki NAb, NAb akan berikatan dengan molekul virus yang masuk sehingga virus tersebut dapat ternetralisir dan tidak lagi mampu menyebabkan infeksi. Biasanya proses ini tidak memerlukan keterlibatan aktivitas antibodi lainnya. NAb dapat diproduksi secara natural oleh tubuh sebagai bagian dari respon imun, yang dapat dipicu oleh infeksi vitus itu sendiri maupun vaksinasi. NAb memiliki peranan penting dan berkorelasi kuat dengan perlindungan tubuh dari infeksi virus setelah vaksinasi. 

Neutralizing Antibody (NAb) tidak memiliki struktur atau bentuk khusus. Sebagaian IgA dan IgM memiliki kemampuan untuk menetralisir virus, sehingga digolongkan ke dalam NAb dan tidak semua IgG yang menargetkan protein Spike (IgG-S) merupakan NAb. NAb bisa jadi dalam bentuk antibodi dari golongan manapun yang memiliki kemampuan menetralisir virus. 

Hasil penelitian pengembangan vaksin Gao et al., 2020 menyatakan bahwa titer antibodi IgG-RBD, IgG-S, dan IgG-N spesifik SARS-CoV-2 setelah vaksinasi tidak berkorelasi penuh dengan titer Neutralizing Antobody (NAb) SARS-CoV-2. Titer NAb spesifik COVID-19 biasanya akan mulai terdeteksi di dua minggu awal setelah infeksi atau vaksinasi, kemudian akan menurun dari waktu kewaktu setelah minggu ke-8. Skema skala perkembangan beberapa jenis antibodi (IgG, IgM, IgA, dan NAb) dari waktu ke waktu setelah gejala timbul dapat dilihat pada Gambar 2. 




Neutralizing Antibody (NAb) dapat menetralisir infeksi virus pada sel manusia dengan cara menghalangi pelekatan antara RBD virus dan reseptor ACE2 manusia maupun mencegah terjadinya peleburan domain S2 dengan sel manusia. NAb menempel pada bagian-bagian krusial virus, sehingga virus kehilangan kemampuan infeksi (menghambat replikasi virus). Apabila suatu virus telah dinetralisir oleh NAb, virus tersebut akan dihancurkan oleh sel darah putih dan dikelaurkan dari tubuh melalui urin atau feses. 

mekanisme kerja neutralizing antibody NAb



Sumber : COVID 19 | Neutralizing Antibody untuk mengukur kadar antibodi yang timbul setelah vaksin. 

PENTING : Terimakasih sudah berkunjung ke website infolabmed.com. Jika Anda mengutip dan atau mengambil keseluruhan artikel dalam websit ini, mohon untuk selalu mencantumkan sumber pada tulisan / artikel yang telah Anda buat. Kerjasama/media partner : laboratorium.medik@gmail.com.



Selengkapnya
6:47 AM
Manual Prosedur ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test. SARS-CoV-2 termasuk dalam keluarga besar virus corona yang dapat mengakibatkan berbagai penyakit, mulai dari flu biasa hingga penyakit yang lebih parah. Infeksi SARS-CoV-2 menyebabkan penyakit COVID-19 yang mengakibatkan berbagai gejala klinis, mulai asimptomatik hingga demam, kelelahan dan batuk kering, serta kemungkinan menyebabkan penyakit parah bahkan kematian. Sebagian besar pasien dapat sembuh tanpa perawatan khusus. Menurut data terbaru, sekitar 15-20% orang yang terinfeksi menjadi sakit parah dan sulit bernapas. Orang tua dan mereka yang memiliki masalah kesehatan medis, seperti tekanan darah tinggi, gangguan jantung, atau diabetes, cenderung lebih mudah terserang penyakit parah.


Manual Prosedur ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test
Ilustrasi. (Foto : https://www.alodokter.com/) 


Penularan virus dari orang ke orang telah dikonfirmasi dan terutama terjadi melalui percikan napas dari batuk dan bersin dalam jarak sekitar 6 kaki (1,8 m)3. RNA virus juga telah ditemukan pada sampel feses pasien. Kemungkinan virus ini dapat menular meskipun dalam periode inkubasi, namun teori ini belum terbukti. 


Saat ini, metode laboratorium untuk mendeteksi COVID-19 adalah PCR. Namun, metode ini memerlukan peralatan canggih dan teknisi laboratorium yang sangat terlatih. ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test adalah pengujian yang mudah digunakan dan hemat biaya yang dapat dilakukan di pengatran tempat perawatan. 


ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test mendeteksi adanya antigen dari virus SARS-CoV-2 dalam tujuh hari pertama sejak timbulnya gejala. Hasil tes terus diinterpretasi dalam waktu 15 menit. Hasil tidak boleh diinterpretasi setelah 20 menit. Tenaga dengan keahlian minimal dapat melakukan tes, tanpa menggunakan peralatan laboratorium yang rumit. 


Prinsip Pemeriksaan  ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test


ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test adalah tes berbasis pengujian immunikromatografi aliran lateral. Kaset tes terdiri atas : 1) bantalah konjugasi berwarna yang mengandung antibodi anti-SARS-CoV-2 yang dikonjugasikan dengan emas koloid (konjugasi antibodi) dan, 2) strip membran nitroselulosa yang terdiri atas satu garis tes (garis Ag) dan satu garis kontrol (garis C). Garis tes telah dilapisi sebelumnya dengan antibodi anti-SARS-CoV-2 dan garis C telah dilapisi sebelumnya dengan antibodi kontrol. 


Spesimen dikumpulkan dengan swab nasofaring atau nasal dan antigen SARS-CoV-2 diekstraksi dari swab dengan buffer ekstraksi. Atau, sampel yang disimpan dalam VTM (viral transport medium) dapat langsung dites. Bila diterapkan ke sampel dengan baik, spesimen yang diesktraksi akan bermigrasi melintasi strip tes dengan aksi kapiler. Jika ada dalam ekstrak, antigen SARS-CoV-2 akan terikat dengan konjugasi antibodi dan imunokompleks yang kemudian ditangkap di membran oleh antibodi anti-SARS-CoV-2 yang telah dilapisi sebelumnya, sehingga membentuk garis Ag berwarna yang menunjukkan hasil tes positif COVID-19. 


Tes terdiri atas kontrol internal (garis C) yang akan menampilkan garis berwarna, apapun perkembangan warna yang terjadi pada garis Ag. Jika garis C tidak berubah, hasil tes menjadi tidak valid, dan spesimen harus dites ulang dengan perangkat baru. 


Alat dan Bahan Pemeriksaan ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test 

Alat dan Bahan yang disediakan :
- Kaset yang dibungkus kantong foil
- Tabung ekstraksi sampel
- Rak tabung ekstraksi sampel
- Buffer ekstraksi9 sampel (2 botol, masing-masing 5 mL)
- Nosel
- Swab steril

Alat dan Bahan lain :
- Stopwatch
- Sarung tangan, gown (APD) yang sesuai standar


Pengumpulan dan Penanganan Sampel Untuk Pemeriksaan Antigen (Ag) COVID-19


Pertimbangankan setiap bahan yang berasal dari manusia sebagai berpotensi penularan, dan tangani dengan prosedur keamanan biologi standar. 

1. Bersihkan lendir dari hidung pasien. Masukkan swab dengan hati-hati ke dalam hidung yang mengeluarkan sekresi terbanyak dibawah inspeksi visual.

2. a. Pengambilan spesimen swab nasofaring (NP)

Pengambilan spesimen swab nasofaring (NP)



Masukkan swab steril yang disediakan beserta kit kedalam lubang hidung pasien, letakkan swab di dekat dasar septum hidung sambil dorong secara perlahan ke dalam nasofaring posterior seperti ditunjukkan pada gambar A. Putar swab beberapa kali, lalu keluarkan dari nasofaring. Tarik swab dari rongga hidung, lalu lanjutkan ke tahap ekstraksi spesimen dengan mengikuti Prosedur Pengujian yang dijelaskan di bawah ini. 


b. Pengambilan spesimen nasofaring swab

Pengambilan spesimen nasofaring swab


Masukkan swab steril yang disediakan beserta kit ke dalam lubang hidung pasien. Sambil memutar perlahan, dorong swab hingga mencapai resistensi di tingkat turbinate (kurang dari satu inci ke dalam lubang hidung) seperti ditunjukkan pada gambar B. Putar swab beberapa kali menyentuh hidung, lalu keluarkan dari lubang hidung. Dengan swab yang sama, ulang proses tersebut pada lubang hidung kedua untuk  memastikan bahwa sampel didapatkan dari kedua rongga hidung. Tarik swab dari rongga hidung, lalu lanjutkan ke tahap eksraksi spesimen dengan mengikuti Prosedur Pengujian yang dijelaskan dibawah ini. 


3. Pengiriman dan Penyimpanan Spesimen : Lakukan tes pada spesimen segera setelah diambil, dengan mengikuti prosedur pengujian berikut. Jika tidak segera diuji, spesimen yang diambil dari swab dapat disimpan pada suhu-2-8 derajat C hingga 8 jam sebelum pengujian. Spesimen VTM dapat disimpan dalam keadaan beku hingga digunakan. 


PROSEDUR PENGUJIAN ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test


Prosedur pengujian untuk menguji spesimen swab :

Langkah 1 : Bawa spesimen dan komponen uji ke suhu ruang (15-30 derajat C) jika diperlukan.

Langkah 2 : Tambahkan buffer ekstraksi sampel ke dalam tabung ekstraksi hingga meniskus mencapai garis horizontal yang tertera pada tabung (~0,3 mL, 9-10 tetes). Jaga agar tabung selalu tegak lurus menggunakan rak tabung ekstraksi sampel yang disediakan. 

Langkah 3 : Masukkan swab ke dalam buffer ekstraksi dalam tabung. Kocok swab minimal 5 kali. Tekan tabung pada kapas yang terendam beberapa kali untuk memfasilitasi ekstraksi spesimen. Angkat dan buang kapas dengan cara yang aman. 

Langkah 4: Pasang nosel ke tabung ekstraksi sampel yang berisi spesimen yang telah diekstraksi. Spesimen yang telah diekstraksi dalam tabung kini siap diuji. 

Langkah 5 : Lepas perangkat kaset dari kantong yang tertutup rapat sesaat sebelum pengujian. Letakkan perangkat pada permukaan rata dan bersih. Tandai perangkat dengan nomor ID spesimen. 

langkah 6 : Balik tabung dan tambahkan 3 tetes (~80-90 uL) dari spesimen yang diekstraksi ke dalam wadah sampel perangkat kaset dengan menekan tabung secara perlahan. 


PROSEDUR PENGUJIAN ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test


Langkah 7 : Atur perangkat penghitung waktu.

Langkah 8 : Baca hasil setelah 15 menit. Hasil positif dapat segera dilihat dalam waktu 3 menit. Hasil yang dibaca setelah 20 menit akan dianggap tidak valid dan harus diulang dengan perangkat baru. Buang perangkat yang telah digunakan sebagai limbah bahaya hayati dengan mengikuti undang-undang setempat yang mengatur pembuangan perangkat. 


Prosedur alternatif untuk spesimen yang disimpan dalam VTM

Tambahkan 90 uL spesimen VTM  secara langsung ke dalam wadah sampel perangkat kaset, lalu lanjutkan ke langkah 7 diatas. 

Catatan : Metode ini disarankan untuk sampel yang disimpan dalam VTM yang tidak mengandung pewarna indikator pH, karena warna pewarna dapat mengganggu pengujian. 


Interpretasi Hasil Pemeriksaan ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test


Interpretasi Hasil Pemeriksaan ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test NEGATIF


Hasil NEGATIF : Jika hanya garis C yang muncul, berarti tes menunjukkan tidaka da virus SARS-CoV-2 (antigen) yang terdeteksi dalam spesimen. Hasilnya Negatif atau Non Reaktif


Interpretasi Hasil Pemeriksaan ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test REAKTIF POSITIF


Hasil POSITIF : Jika garis C dan garis Ag yang muncul, virus SARS-CoV-2 ataus SARS-CoV-2 (antigen) ada dalam spesimen. Hasilnya POSITIF atau REAKTIF. Beberapa spesimen mungkin menghasilkan pita samar, namun setiap pita garis uji yang terlihat menunjukkan hasil positif terlepas dari intensitas pita. 


Interpretasi Hasil Pemeriksaan ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test INVALID


TIDAK VALID. Jika garis C tidak terlihat, pengujian menjadi tidak valid, terlepas munculnya warna pada garis Ag. Ulangi pengujian dengan perangkat baru. 


Sumber : Insert Kit ANSWER COVID-19 Ag Rapid Test

PENTING : Terimakasih sudah berkunjung ke website infolabmed.com. Jika Anda mengutip dan atau mengambil keseluruhan artikel dalam websit ini, mohon untuk selalu mencantumkan sumber pada tulisan / artikel yang telah Anda buat. Kerjasama/media partner : laboratorium.medik@gmail.com.
Selengkapnya
5:31 AM

Manual Prosedur Rapid Test COVID-19 Antigen Kaset COV-TEST. Coronavirus baru (SARS-CoV-2) termasuk dalam genus β. COVID-19 adalah penyakit infeksi saluran pernapasan akut. Orang pada umumnya rentan. Saat ini, pasien yang terinfeksi novel coronavirus merupakan sumber utama penularan; Orang yang terinfeksi tanpa gejala juga dapat menjadi sumber penularan. Berdasarkan penyelidikan epidemiologi saat ini, masa inkubasi adalah 1 sampai 14 hari, kebanyakan 3 sampai 7 hari. Manifestasi utama termasuk demam, kelelahan dan batuk kering. Hidung tersumbat, pilek, sakit tenggorokan, mialgia dan diare ditemukan dalam beberapa kasus. 

 

Manual Prosedur Rapid Test COVID-19 Antigen Kaset COV-TEST

Rapid Test COVID-19 Antigen Kaset adalah immunoassay aliran lateral yang ditujukan untuk deteksi kualitatif antigen nukleokapsid SARS-CoV-2 pada usap nasofaring dan usap orofaring dari individu yang diduga COVID-19 oleh penyedia layanan kesehatan mereka. 


Hasilnya untuk identifikasi antigen nukleokapsid SARS-CoV-2. Antigen umumnya dapat dideteksi pada usap nasofaring dan usap orofaringeal selama fase infeksi akut. Hasil positif menunjukkan adanya antigen virus, tetapi korelasi klinis dengan riwayat pasien dan informasi diagnostik lain diperlukan untuk menentukan status infeksi. Hasil positif tidak menutup kemungkinan infeksi bakteri atau koinfeksi dengan virus lain. Agen yang terdeteksi mungkin bukan penyebab pasti penyakit. 


Hasil negatif tidak mengesampingkan infeksi SARS-CoV-2 dan tidak boleh digunakan sebagai satu-satunya dasar untuk pengobatan atau keputusan manajemen pasien, termasuk keputusan pengendalian infeksi. Hasil negatif harus dipertimbangkan dalam konteks ekposur pasien baru-baru ini, riwayat dan adanya tanda dan gejala klinis yang konsisten dengan COVID-19, dan dikonfirmasi dengan uji molekuler, jika diperlukan untuk manajemen pasien. 


Rapid Test COVID-19 Antigen Kaset ini digunakan untuk orang-orang profesional dalam bidang kesehatan atau teknisi yang sudah terlatih dalam melakukan pemeriksaan aliran lateral. 


Prinsip Pemeriksaan Rapid Test COVID-19 Antigen Kaset

Pemeriksaan Rapid Test COVID-19 Antigen adalah immunoassay aliran lateral berdasarkan prinsip teknik sandwich antibodi ganda. Antibodi monoklonal protein nukleokapsid SARS-CoV-2 yang dikonjugasikan dengan partikel mikro warna digunakan sebagai detektor dan disemprotkan pada bantalan konjugasi. Selama pengujian, antigen SARS-CoV-2 dalam spesimen berinteraksi dengan antibodi SARS-CoV-2 yang terkonjugasi dengan mikropartikel warna membuat antigen-antibodi berlabel kompleks. Kompleks ini bermigrasi pada membran melalui aksi kapiler sampai garis uji, dimana ia akan ditangkap oleh antibodi monoklonal protein nukleokapsid SARS-CoV-2 yang telah dilapisi sebelumnya. Garis uji berwarna (T) akan terlihat dijendela hasil jika antigen SARS-CoV-2 ada dalam spesimen. Tidak adanya garis T menunjukkan hasil negatif. Garis kontrol (C) digunakan untuk kontrol prosedural, dan harus selalu muncul jika prosedur pengujian dilakukan dengan benar. 


Alat dan Bahan Pemeriksaan Rapid Test COVID-19 Antigen Kaset

Alat dan Bahan :

  • Kaset uji
  • Reagen ekstraksi (setiap ampul mengandung 0,3 mL reagen ekstraksi)
  • Usap steril (Usap sekali pakai untuk pengambilan spesimen)
  • Tabung ekstraksi
  • Pipet tetes
  • Timer
  • Spesimen nasofaring/orofaring


Penyimpanan dan Stabilitas Reagen/kaset Antigen SARS-CoV-2

  • Simpan sebagai dikemas dalam kantong tertutup pada suhu (4-30 0C atau 40-86 0F). Kit ini stabil dalam tanggal kadaluarsa yang tercetak pada label. 
  • Setelah kantong terbuka, tes harus digunakan dalam waktu satu jam. Kontak yang terlalu lama dengan lingkungan yang panas dan lembab menyebabkan kerusakan pada kit. 
  • LOT dan tanggal kadaluarsa dicetak pada label.


Cara Pengambilan Usap Nasofaring

  • Buka swab dakron pada kepasan
  • Miringkan kepala pasien ke belakang sekitar 70 derajat
  • Masukkan swab melalui lubang hidung sejajar dengan langit-langut (tidak ke atas) sampai ditemukan resistensi atau jarak yang setara dengan jarak dari telinga ke lubang hidung pasien, yang mengindikasikan kontak dengan nasofaring. Gosok perlahan dan gulung swab. Biarkan swab ditempatnya selama beberapa detik untuk menyerap sekresi. 
  • Lepaskan swab secara perlahan sambil memutarnya. 


Spesimen dapat diambil dari kedua sisi dengan menggunakan usap yang sama, tetapi tidak perlu mengumpulkan spesimen dari kedua sisi jika ujung usap sudah jenuh dengan cairan dari koleksi pertama. Jika septum yang menyimpang atau penyumbatan menimbulkan kesulitan dalam mengambil spesimen dari satu lubang hidung, gunakan swab yang sama untuk mengambil spesimen dari lubang hidung lainnya. 


Cara Pengambilan Usap Orofaring

Masukkan swab ke area faring posterior dan tonsil. Gosokkan swab pada kedua pilar tonsil dan orofaring posterior dan hindari menyentuh lidah, gigi dan gusi. 


Transportasi dan Penyimpanan Spesimen

Jangan mengembalikan swab kedalam kemasan swab aslinya. Spesimen yang baru dikumpulkan harus diproses secepat mungkin, tetapi tidak lebih dari satu jam setelah pengambilan spesimen. Spesimen yang dikumpulkan dapat disimpan pada suhu 2-8 0C tidak lebih dari 24 jam; Simpan pada -70 0 untuk waktu yang lama, tetapi hindari siklus pembekuan-pencairan yang berulang. 



Prosedur Pemeriksaan Rapid Test COVID-19 Antigen Kaset COV-TEST

Catatan : Diamkan kaset uji pada suhu kamar sebelum dilakukan pemeriksaan. 

  • Letakkan tabung ekstraksi di rak tabung (tersedia dalam box kit reagen)
  • Buka tutup reagen ekstraksi. Tambahkan semua reagen ekstraksi ke dalam tabung ekstraksi
  • Pengambilan sampel mengacu pada bagian 'Pengumpulan Spesimen'

Prosedur Pemeriksaan Swab Langsung

  1. Masukkan spesimen swab ke dalam tabung ekstraksi yang berisi reagen ekstraksi. Gulung ujung swab setidaknya 5 kali sambil menekan kepala ke bagian bawah dan samping tabung ekstraksi. Biarkan swab didalam tabung selama satu menit. 
  2. Lepaskan swab sambil menekan sisi tabung untuk mengeluarkan cairan dari kapas. Cairan yang telah di ekstraksi tersebut akan digunakan sebagai sampel pengujian
  3. Tutup tabung ekstraksi itu dengan ujung pipet dengan erat
  4. Keluarkan kaset uji dari kantung plastiknya 
  5. Teteskan tabung ekstraksi yang berisi cairan spesimen, peganglah tabung dengan posisi tegak, teteskan sekitar 3 tetes (kira-kira 100 mikron) secara perlahan ke dalam sumur spesimen (S) yang berada pada kaset uji, kemudian mulai lakukan penghitungan waktu. 
  6. Tunggulah hingga garis berwarna muncul. Interpretasikan hasil tes tersebut dalam 15 menit. Jangan baca hasil setelah 20 menit. 

Prosedur Pemeriksaan Spesimen Swab Antigen pada VTM (Viral Transport Media)

  1. Masukkan spesimen swab kedalam tabung VTM yang berisi maksimal 3 mL tanpa agen denaturasi
  2. Campur spesimen yang disimpan dalam VTM denan vortexing
  3. Pindahkan 300 mikron larutan VTM yang berisi spesimen ke dalam tabung ekstraksi yang berisi reagen ekstraksi dengan mikropipet terkalibrasi. Campur homogen dengan pipet keatas dan kebawah. 
  4. Tutupi tabung ekstraksi dengna ujung pipet dengan erat, dan biarkan larutan yang diekstraksi berdiri selama satu menit. 
  5. Ikuti langkah 4 sampai 6 pada Prosedur Pemeriksaan Swab Langsung diatas. 

Interpreatasi hasil pemeriksaan antigen SARS-CoV-2.
Interpreatasi hasil pemeriksaan antigen SARS-CoV-2. (Foto : https://www.liputan6.com/)


INTERPRETASI HASIL Pemeriksaan Rapid Test COVID-19 Antigen Kaset COV-TEST

  • Positif : Dua Garis Muncul. Satu garis berwarna muncul di wilayah kontrol (C), dan garis berwarna lainnya muncul di wilayah pengujian (T), terlepas dari intensitas garis pengujian. 
  • Negatif. Satu garis berwarna muncul di wilayah kontrol (C), dan tidak ada garis yang muncul di wilayah pengujian (T). 
  • Invalid : Garis Kontrol Gagal Muncul. Volume spesimen yang tidak mencukupi atau teknik prosedural yang salah adalah alasa yang paling mungkin untuk kegagalan jalur kontrol. Tinjau prosedur dan ulangi pengujian dengan menggunakan kaset pengujian baru. Jika masalah terus berlanjut, segera hentikan penggunaan lot dan hubungi distributor / penyalur reagen kit Anda. 

BATASAN PENGUJIAN Rapid Test COVID-19 Antigen Kaset COV-TEST

  • Produk dibatasi untuk memberikan deteksi kualitatif. Intensitas garis uji tidak selalu berkolerasi dengan konsentrasi antigen spesimen. 
  • Hasil negatif tidak menghalangi infeksi virus SARS-CoV-2 dan tidak boleh digunakan sebagai satu-satunya dasar untuk keputusan manajemen pasien. 
  • Seorang dokter harus menafsirkan hasil dalam hubungannya dengan riwayat pasien, temuan fisik, dan prosedur diagnostik lainnya. 
  • Hasil negatif dapat terjadi jika jumlah antigen SARS-CoV-2 yang ada dalam spesimen dibawah ambang batas deteksi uji, atau virus telah mengalami mutasi asam amino minor diwilayah epitop target yang dikenali oleh monoklonal antibodi digunakan dalam tes. 

Sumber 

PENTING : Terimakasih sudah berkunjung ke website infolabmed.com. Jika Anda mengutip dan atau mengambil keseluruhan artikel dalam websit ini, mohon untuk selalu mencantumkan sumber pada tulisan / artikel yang telah Anda buat. Kerjasama/media partner : laboratorium.medik@gmail.com.
Selengkapnya
9:51 AM

Tuberkulosis (TB), merupakan salah satu inveksi yang disebabkan oleh bakteri ini telah memberikan penderitaan terhadap manusia yang tercatat dan merupakan infeksi tertua, TB masih menjadi salah satu pembunuh terbesar di antara penyakit menular yang pernah ada, meskipun penggunaan vaksin hidup yang dilemahkan dan beberapa antibiotik di seluruh dunia telah digunakan. Vaksin dan obat baru diperlukan untuk membendung epidemi TB di seluruh dunia yang membunuh dua juta orang setiap tahun. Untuk mengembangkan agen antituberkular baru secara rasional, penting untuk mempelajari genetika dan fisiologi M. tuberculosis dan mikobakteri terkait. Pendekatan yang dijelaskan dalam tinjauan ini mengidentifikasi gen M. tuberculosis yang sedang atau berpotensi terlibat dalam virulensi. Di masa depan, beberapa gen dan protein yang dikodekannya, serta yang baru ditemukan, harus menyediakan target bakteri baru yang dapat digunakan untuk membuat vaksin dan obat-obatan serta reagen diagnostik yang lebih selektif. 


Patogenesis Mycobacterium tuberculosis dan Penentu Molekuler Virulensi


SEJARAH MUNCULNYA TUBERKULOSIS

Tuberkulosis (TB) seperti yang dijelaskan di bagian selanjutnya, dapat muncul dalam berbagai bentuk, termasuk yang menyerang tulang dan menyebabkan kelainan bentuk tulang. Jaringan keras seperti tulang dapat bertahan selama ribuan tahun, memungkinkan identifikasi yang hampir pasti dari individu dengan TB tulang yang meninggal lebih dari 4.000 tahun yang lalu. Frekuensi kerangka yang digali dengan kelainan tuberkular yang tampak jelas di Mesir kuno menunjukkan bahwa penyakit itu umum di antara populasi itu. Penemuan tulang yang cacat serupa di berbagai situs Neolitik di Italia, Denmark, dan negara-negara di Timur Tengah juga menunjukkan bahwa TB ditemukan di seluruh dunia hingga 4.000 tahun yang lalu. Asal mula M. tuberculosis, agen penyebab TB, telah menjadi subyek banyak penelitian baru-baru ini, dan diperkirakan bahwa bakteri dalam genus Mycobacterium, seperti actimomycetes lainnya, pada awalnya ditemukan di tanah dan beberapa spesies berevolusi untuk hidup. pada mamalia. Domestikasi ternak, diperkirakan terjadi antara 10.000 dan 25.000 tahun yang lalu, akan memungkinkan masuknya patogen mikobakteri dari ternak peliharaan ke manusia, dan dalam adaptasi ini ke inang baru, bakteri akan berevolusi menjadi M. tuberkulosis. Secara khusus, telah dihipotesiskan bahwa M. bovis, yang menyebabkan penyakit mirip TB pada sapi, adalah prekursor evolusioner hipotetis M. tuberculosis. Hipotesis ini sekarang dianggap meragukan berdasarkan data baru, karena telah dirumuskan sebelum genom di kompleks M. tuberculosis, termasuk patogen manusia dan hewan M. africanum, M. microti, dan M. canetti, serta M. .tuberkulosis dan M. bovis, dicirikan oleh sekuensing DNA dan metode terkait. Studi-studi ini telah menunjukkan lebih dari 99,9% kesamaan urutan DNA di antara anggota kompleks M. tuberculosis, tetapi keberadaan polimorfisme nukleotida tunggal sinonim yang langka (sSNP) memungkinkan diskriminasi antara bakteri yang terkait erat ini. Analisis sSNP menunjukkan bahwa M. bovis berevolusi pada saat yang sama dengan M. tuberculosis, dan studi tentang distribusi delesi dan insersi dalam genom kompleks M. tuberculosis memberikan bukti kuat untuk evolusi independen kedua M. tuberculosis dan M. bovis dari spesies prekursor lain, kemungkinan berkerabat dengan M. canetti. 


Dalam catatan sejarah, tablet tanah liat Assyiria menggambarkan pasien batuk darah pada abad ketujuh SM, dan Hippocrates (abad kelima SM) menulis tentang pasien dengan sakit paru-paru (istilah Yunani adalah phthisis), yaitu, kelelahan yang berhubungan dengan nyeri dada dan batuk, sering dengan darah pada dahak. Pada saat ini, frekuensi deskripsi pasien dengan gejala mirip TB menunjukkan bahwa penyakit itu sudah mengakar dengan baik. Diperkirakan bahwa TB mungkin telah masuk ke wilayah ini melalui migrasi penggembala sapi Indo-Eropa yang membawanya karena terpajan pada sapi yang terinfeksi tuberkel bacillus. Analisis berbagai sifat fenotipe manusia, seperti toleransi laktosa, yang terkait dengan pemeliharaan sapi dan seleksi kemampuan untuk memanfaatkan susu, serta paparan M. tuberculosis yang dihasilkan, juga menunjukkan bahwa orang Indo-Eropa menyebarkan penyakit ini ke Eropa dan Asia selama migrasi mereka ke wilayah ini. 


Eropa, dengan ledakan populasinya pada milenium kedua Masehi dan pertumbuhan pusat kota besar, menjadi episentrum bagi banyak epidemi TB mulai abad ke-16 dan ke-17. Penyakit ini mencapai puncaknya di Eropa pada paruh pertama abad ke-19, dan diperkirakan seperempat orang Eropa meninggal karena TB. Dalam sebuah penelitian di sebuah rumah sakit Paris saat ini, 250 dari 696 mayat yang diperiksa menunjukkan bahwa individu tersebut telah meninggal karena penyakit ini. Pada paruh terakhir abad ke-19, kematian akibat TB menurun, sebagian besar karena perbaikan sanitasi dan perumahan, di mana contoh paling terkenal adalah pembaruan kota Paris pada tahun 1850-an, yang diprakarsai dan disutradarai oleh Baron Georges Haussmann. Tentu saja, motivasi untuk proyek besar-besaran ini bukan hanya masalah kesehatan masyarakat tetapi juga pertimbangan politik, karena jalan raya yang lurus dan lebar dari Right Bank yang dibangun kembali memungkinkan kontrol yang lebih baik atas kelas pekerja yang semakin radikal oleh pasukan Louis Bonaparte. Juga telah didalilkan bahwa seleksi alam manusia yang resisten terhadap TB mungkin memainkan peran utama dalam penurunan insiden penyakit ini pada abad ke-19, tetapi penurunan tersebut terlalu cepat untuk dijelaskan oleh perubahan ini.


Para imigran Eropa ke Dunia Baru membawa penyakit itu bersama mereka, dan sementara tingkat kematian tidak pernah mencapai tingkat yang ditemukan di Eropa, pusat kota besar seperti Boston dan New York memiliki tingkat kematian TB 6 sampai 7 per 1.000 pada tahun 1800, menurun menjadi 4 per 1.000 pada tahun 1860 hingga 1870. Langkah-langkah kesehatan masyarakat tampaknya juga berperan dalam penurunan angka kematian ini.


Angka kesakitan dan kematian TB akibat TB terus menurun selama abad ke-20 di negara maju, dibantu oleh praktik kesehatan masyarakat yang lebih baik dan meluasnya penggunaan vaksin BCG M. bovis, serta pengembangan antibiotik pada 1950-an. Tren penurunan ini berakhir dan jumlah kasus baru mulai meningkat pada pertengahan 1980-an. Penyebab utama dari hal ini adalah meningkatnya tunawisma dan kemiskinan di negara maju dan munculnya AIDS, dengan penghancuran respon imun yang diperantarai sel pada orang koinfeksi. Hanya dengan pengeluaran dana dan sumber daya manusia yang sangat besar, terutama dengan pemberian antibiotik yang dipantau secara langsung, “miniepidemi” kasus TB baru ini dapat dibalik di Eropa dan Amerika Serikat.


Namun, pada berbagai negara terbelakang masih menderita TB, seperti yang ditunjukkan oleh statistik berikut. Insiden TB berkisar dari kurang dari 10 per 100.000 di Amerika Utara hingga 100 hingga 300 per 100.000 di Asia dan Rusia Barat hingga lebih dari 300 per 100.000 di Afrika Selatan dan Tengah. Ada satu kematian akibat TB setiap 15 detik (lebih dari dua juta per tahun), dan delapan juta orang menyebarkan TB setiap tahun. Tanpa pengobatan, hingga 60% orang dengan penyakit ini akan meninggal. Pada dasarnya semua kasus ini berada di Dunia Ketiga (318a), yang mencerminkan kemiskinan dan kurangnya kondisi hidup yang sehat dan perawatan medis yang memadai. Krisis global ini diperparah dengan munculnya resistensi multiobat di negara-negara seperti bekas Uni Soviet, Afrika Selatan, dan India, di mana beberapa antibiotik tersedia tetapi kualitasnya lebih rendah atau tidak digunakan untuk waktu yang cukup untuk mengendalikan penyakit sesuai dengan yang direkomendasikan. rejimen


Selama berabad-abad, dokter dan ilmuwan telah menggambarkan TB dalam berbagai bentuknya dan berusaha memahami asal usul penyakit, untuk menggunakan informasi ini untuk diagnosis, pencegahan, dan penyembuhan yang lebih baik. Hippocrates mengira penyakit itu sebagian besar diturunkan, sementara Aristoteles (abad ke-4 SM) menekankan sifat menularnya, seperti yang dilakukan Galen, dokter Romawi terbesar, pada abad ke-2 M. Pandangan yang berlawanan tentang asal-usul TB muncul kembali di paruh kedua abad ke-17. , di mana para dokter Italia, yang melanjutkan gagasan Galen dan mempengaruhi negara-negara di lembah Mediterania, masih mempertahankan bahwa TB menular. Sebaliknya, para dokter dan sarjana di negara-negara Utara lebih menyukai penyebab penyakit ini secara konstitusional atau turun-temurun. Merefleksikan empirisme otoritas medis pada masa seperti Paracelsus dari Swiss, diyakini bahwa teori penularan Selatan tidak dibuktikan secara ilmiah dan tidak menjelaskan mengapa beberapa orang di lingkungan perkotaan tidak terkena TB bahkan di mana terdapat insiden penyakit yang tinggi. Perbedaan filosofis ini, yang dapat diparafrasekan sebagai teka-teki alam-versus-pemeliharaan yang terkenal, mencapai titik puncaknya pada abad ke-19. Pada tahun 1865, Jean-Antoine Villemin, seorang dokter militer Prancis, melaporkan bahwa ia mampu memberikan TB pada kelinci laboratorium dengan menginokulasi mereka dengan jaringan tuberkulosis dari mayat. Laporan ini segera diserang oleh lembaga medis Prancis, terutama Herman Pidoux, yang dengan tegas menyatakan bahwa harus ada solusi yang lebih “modern” dan lebih sosial untuk masalah TB, yang dia dan orang lain rasakan muncul di kelas (pekerja) yang lebih miskin. dari penyebab eksternal seperti malnutrisi, sanitasi yang buruk, dan kerja berlebihan. Laporan Robert Koch 17 tahun kemudianbnh, yang secara meyakinkan menunjukkan bahwa TB memang disebabkan oleh bakteri mendiskreditkan banyak argumen Pidoux. Namun, kepercayaan pada penyebab sosial TB masih berlanjut hingga awal abad ke-20 karena gerakan sindikalis revolusioner di Prancis, dalam perjuangan mereka selama 8 jam kerja, menggunakan TB sebagai contoh penyakit yang disebabkan oleh kerja berlebihan dan malnutrisi. . Eksponen kontemporer dari pandangan ini mencoba untuk mendiskreditkan eksperimen konklusif Koch, menggunakan argumen yang mirip dengan para dokter Eropa Utara abad ke-17 dan Pidoux dan rekan-rekannya. 


Dimulai dengan karya Edward Trudeau pada akhir abad ke-19 dan awal abad ke-20, dikotomi yang jelas dalam menjelaskan etiologi tuberkulosis diselesaikan. Dalam percobaan klasik, yang menurut standar saat ini mungkin dianggap terbatas secara statistik, ia menunjukkan bahwa TB dapat diinduksi pada kelinci dengan biakan murni M. tuberculosis virulen tetapi kondisi lingkungan di mana hewan dipelihara sangat mempengaruhi perjalanan penyakit. Dalam penelitian ini, lima ekor kelinci terinfeksi M. tuberculosis dipelihara dalam kandang yang padat dan gelap dengan sedikit makanan. Dari jumlah tersebut, empat meninggal karena TB dalam waktu 3 bulan, dan satu menjadi sakit parah karena penyakit tersebut. Ketika lima hewan yang terinfeksi serupa dibiarkan hidup di luar ruangan di sebuah pulau kecil dengan makanan tambahan, satu kelinci mati dalam waktu satu bulan karena infeksi tetapi empat lainnya masih hidup setelah 6 bulan, tanpa tanda-tanda penyakit. Seri kontrol, yaitu lima kelinci yang tidak terinfeksi dikurung di kandang yang gelap dan penuh sesak dengan sedikit makanan, menjadi kurang gizi dan jelas tidak bahagia tetapi tidak terkena TB. Eksperimen sederhana ini memberikan validitas ilmiah untuk pengobatan TB (udara segar dan makanan yang cukup) yang menjadi dasar gerakan sanatorium TB yang dimulai oleh dokter Eropa pada pertengahan 1800-an dan yang juga digunakan oleh Trudeau di pusat pengobatan TB Saranac Lake miliknya. yang dibuka pada tahun 1884. Sejarah penelitian dan pengobatan TB di Trudeau Institute telah dijelaskan dalam ulasan yang menarik dan informatif.



GENETIKA M. TUBERKULOSIS


Sampai baru-baru ini, genetika M. tuberculosis adalah subjek yang diabaikan karena kesulitan dalam bekerja dengan organisme dan kurangnya alat yang sesuai. Sebuah tinjauan yang diterbitkan baru-baru ini pada tahun 1994 menyatakan bahwa bidang ini "... masih dalam tahap awal", tetapi studi tentang genetika mikobakteri telah berkembang dalam beberapa tahun terakhir, seperti yang ditunjukkan oleh publikasi seluruh buku yang didedikasikan untuk topik ini. Hal ini disebabkan oleh pengembangan banyak metode genetik, terutama oleh laboratorium Gicquel dan Jacobs, dan urutan DNA dan anotasi genom M. tuberculosis H37Rv dan mikobakteri terkait yang telah atau saat ini sedang diselesaikan oleh The Institute for Genomic Research dan oleh konsorsium Sanger Center-Pasteur Institute. 



Deskripsi Genome M. tuberculosis

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/


Genom M. tuberculosis H37Rv terdiri dari 4,4 × 106 bp dan berisi sekitar 4.000 gen (Gbr. (Gbr.1)1) (53). Anotasi dari genom M. tuberculosis menunjukkan bahwa bakteri ini mempunyai beberapa ciri yang unik. Lebih dari 200 gen dijelaskan sebagai enzim pengkode untuk metabolisme asam lemak, yang terdiri dari 6% dari total (Tabel 1). Di antaranya adalah sekitar 100 yang diperkirakan berfungsi dalam -oksidasi asam lemak, sedangkan E. coli hanya memiliki 50 enzim yang terlibat dalam metabolisme asam lemak. Actinomycete Streptomyces coelicolor yang terkait jauh memiliki total 115, sesuai dengan sedikit lebih dari 1% dari protein, yang 59 dijelaskan sebagai terlibat dalam degradasi asam lemak. Sejumlah besar enzim M. tuberculosis yang diduga menggunakan asam lemak mungkin terkait dengan kemampuan patogen ini untuk tumbuh di jaringan inang yang terinfeksi, di mana asam lemak mungkin merupakan sumber karbon utama. Aspek penting dari fisiologi M. tuberculosis selama infeksi dijelaskan kemudian dalam tinjauan ini.


Ciri lain yang tidak biasa dari genom M. tuberculosis adalah adanya famili PE dan APD yang tidak terkait dari protein asam dan kaya glisin. Nama-nama tersebut berasal dari urutan Pro-Glu (PE) dan Pro-Pro-Glu (PPE) yang ditemukan di dua wilayah terminal-N yang dilestarikan di masing-masing keluarga protein ini yang masing-masing memiliki panjang sekitar 110 dan 180 asam amino. 172 gen, 104 dari kelas PE dan 68 dari varietas APD, terdiri lebih dari 4% gen pada M. tuberculosis, dan tingkat kelimpahan yang serupa ditemukan pada anggota lain dari kompleks M. tuberculosis yang data urutannya tersedia. Gen PE dan PPE tidak unik pada anggota kompleks M. tuberculosis, karena M. leprae memiliki 26 gen untuk kedua famili ini. Sembilan belas di antaranya adalah pseudogen, mencerminkan perampingan fisik dan genetik ekstensif genom M. leprae dengan penghapusan dan mutasi selama evolusi parasit obligat ini. M. marimum, mikobakteri patogen yang menginfeksi katak dan ikan dan menyebabkan penyakit mirip TB, memiliki beberapa gen PE yang terlibat dalam virulensi (231). Protein ini tidak terbatas pada mikobakteri patogen, karena M. smegmatis memiliki beberapa protein dari keluarga PE-PGRS. Pada M. tuberculosis, protein yang dikodekan oleh 104 gen PE dapat dibagi lagi menjadi tiga kelas, mengandung 29 protein dengan regio PE saja, 8 protein dimana regio PE diikuti oleh sekuens C-terminal yang tidak berhubungan, dan 67 protein yang membentuk regio PE. subfamili PE-PGRS. Kelompok protein ini memiliki domain PE yang dilestarikan diikuti oleh ekstensi terminal-C dengan beberapa pengulangan Gly-Gly-Ala atau Gly-Gly-Asn yang ada di domain PGRS (untuk "urutan berulang kaya GC polimorfik"). Fungsi dari keluarga besar protein terkait ini tidak diketahui, tetapi variasi ukuran telah diamati pada anggota keluarga subfamili PE-PGRS pada strain TB klinis, dan banyak dari protein ini telah terlokalisasi di dinding sel dan membran sel. Data ini dan antigenisitas protein ini telah menyebabkan hipotesis bahwa setidaknya beberapa protein ini mungkin terlibat dalam variasi antigenik M. tuberculosis selama infeksi. Secara signifikan, banyak gen PE yang mengkode protein yang hanya mengandung domain 110-asam amino diikuti oleh gen yang mengkode protein PPE. Dalam satu kasus, pasangan PE-PPE tandem, Rv2431c-Rv2430c, diekspresikan bersama dan dapat membentuk kompleks (M. Strong dan D. Eisenberg, komunikasi pribadi).


Jika tidak, M. tuberculosis tidak luar biasa dalam kandungan anotasi dari sebagian besar kelompok gen dan produknya yang ditemukan dalam mikroorganisme. Misalnya, di antara protein pengatur transkripsi, M. tuberculosis memiliki 13 faktor sigma (protein yang memberikan spesifisitas transkripsional pada RNA polimerase), sesuai dengan 0,3% dari total gen dan, 22 protein pengatur lainnya, termasuk 13 pengatur respons dua komponen (biasanya regulator transkripsi yang diaktifkan oleh dan berfungsi untuk mentransduksi sinyal lingkungan), sesuai dengan 0,6% dari total. Angka-angka ini sangat mirip dengan frekuensi gen yang mengkode regulator ini dalam genom C. diphtheriae, Bacillus subtilis, dan E. coli. Ini jauh lebih rendah daripada angka yang sesuai untuk S. coelicolor pembentuk spora yang tinggal di tanah, yang memiliki 55 gen faktor sigma, 0,7% dari total, dan 74 gen pengatur respons, lebih dari 2% dari total. Telah didalilkan bahwa lingkungan tanah tempat spesies Streptomyces ditemukan telah memilih kemampuan mikroorganisme ini untuk beradaptasi dengan kondisi yang berubah secara radikal. Ini akan terjadi dengan duplikasi gen dan evolusi divergen yang akan memunculkan banyak regulator transkripsi, memungkinkan respons bakteri yang tepat terhadap lingkungan yang berubah. Sesuai dengan ide seleksi lingkungan ini, jumlah protein transpor yang diprediksi yang dikodekan dalam genom S. coelicolor adalah 614, sesuai dengan 8% dari total gen. Jumlah ekuivalen pada M. tuberculosis adalah 125 gen beranotasi untuk fungsi transpor, setara dengan 3% dari total. Bukti tak terduga untuk gagasan duplikasi gen ini disediakan oleh fakta bahwa genom S. coelicolor lebih dari 8,5 × 106 bp, dua kali lebih besar dari M. tuberculosis dan mengkodekan protein dua kali lebih banyak (23). Pasti ada alasan tambahan untuk perbedaan dramatis dalam genom Streptomyces dibandingkan dengan eukariota lainnya. B. subtilis juga merupakan penghuni tanah pembentuk spora, tetapi genom 4 × 106-bp-nya memiliki tingkat protein pengatur dan pengangkut yang mirip dengan bakteri selain Streptomyces.



Metode Analisis Genetik pada Mycobacteria

Pada artikel selanjutnya dijelaskan bagaimana cara menganalisis genetika mycobakteri, terdapat beberapa macam analisis mikobakteri diantaranya aalah seabgai berikut : 


Studi genetik awal. Studi awal tentang penciptaan mutasi pada mikobakteri terkonsentrasi pada spesies nonpatogen yang tumbuh lebih cepat karena relatif mudahnya bekerja dengan bakteri ini.


Metode genetik saat ini. Terlepas dari masalah yang disebutkan di bagian sebelumnya, beberapa teknik saat ini telah berhasil menonaktifkan gen M. tuberculosis. Teknik disrupsi gen pada mikobakteri, seperti dijelaskan pada artikel selanjutnya, dapat dibagi menjadi metode terarah dan global tetapi umumnya memerlukan fenotipe yang dapat dipilih, biasanya resistensi terhadap antibiotik.


(i) Gangguan gen terarah.

Inaktivasi gen terarah memerlukan penyisipan kaset resistensi antibiotik di tengah gen yang diinginkan dan kemudian transformasi DNA ini menjadi mikobakteri sebagai molekul linier atau melingkar, menggunakan elektroporasi.


(ii) Inaktivasi gen global.

Prinsip inaktivasi gen global adalah penyisipan DNA asing, biasanya elemen yang dapat ditransposisi, ke banyak situs dalam genom bakteri, idealnya secara acak sepenuhnya. Peristiwa ini membutuhkan fenotipe yang dapat dipilih, umumnya penanda resistensi antibiotik yang dibawa dalam elemen transposabel.


(iii) Komplemen.

Komplemen genetik juga telah digunakan untuk mengidentifikasi gen virulensi M. tuberculosis. Studi ini menggunakan strain M. tuberculosis yang diketahui avirulen atau nonpathogenic sebagai penerima gen yang dapat dipilih berdasarkan pengkodean fenotipe virulensi, menggunakan tes yang dijelaskan sebelumnya dalam ulasan ini.


(iv) Metode antisense.

RNA antisense digunakan untuk mengurangi ekspresi gen tertentu karena mencegah terjemahan mRNA yang menjadi pelengkap. Mereka sangat berguna dalam sistem di mana inaktivasi gen sulit dan juga ketika gen sangat penting karena penghambatan translasi antisense jarang, jika pernah, lengkap.


Metode lain (nongenetik).

Inaktivasi gen, baik diarahkan atau global, dan analisis selanjutnya dari fenotipe mutan adalah cara yang paling mudah untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi gen dan protein yang terlibat dalam proses tertentu dan, untuk M. tuberculosis, adalah virulensi. Masalah utama dengan pendekatan ini adalah bahwa beberapa gen mungkin penting dan tidak dapat diganggu.


Tulisan ini dapat dibaca selengkapnya disini https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC164219/#:~:text=tuberculosis%2C%20the%20causative%20agent%20of,evolved%20to%20live%20in%20mammals. 



PENTING Terimakasih sudah berkunjung ke website Kami. Untuk yang mengambil artikel dari website Kami, dimohon untuk mencantumkan sumber pada tulisan / artikel yang Anda muat. Terimakasih atas kunjungannya. Kerjasama media pubhlikasi, karya tulis, dll. Email : laboratorium.medik@gmail.com.
Selengkapnya
7:38 PM
Pertanyaan seputar penularan SARS-CoV-2 telah membayangi pandemi COVID-19 sejak infeksi pertama dilaporkan: Siapa yang paling menular dan kapan? Bagaimana tingkat keparahan gejala sesuai dengan infeksi? Viral load apa yang dibutuhkan untuk menyebarkan virus? 

Studi Besar tentang Menghasilkan Viral Load SARS-CoV-2 tentang Penularan


Sekarang, untuk lebih memahami dan memperkirakan penularan pada pasien COVID-19, tim yang dipimpin oleh Christian Drosten, MD, direktur Institut Virologi Charité dan seorang peneliti di Pusat Penelitian Infeksi Jerman (DZIF), menganalisis sampel PCR lebih dari 25.000 kasus COVID-19 untuk menentukan "viral load" - jumlah total genom SARS-CoV-2 yang terkandung dalam sampel. Viral load setiap sampel ditentukan dan digunakan untuk memperkirakan tingkat penularan. Penelitian ini memberikan wawasan tentang penularan SARS-CoV-2 pada kelompok usia yang berbeda dan pada tingkat keparahan penyakit yang berbeda. Selain itu, data tersebut memberikan wawasan baru tentang varian B.1.1.7.

Penelitian ini diterbitkan di Science, dalam makalah, Estimating infectiousness throughout SARS-CoV-2 infection course.”

Viral load sampel memberikan perkiraan kasar tentang jumlah virus yang ada di tenggorokan pasien dan, dengan demikian, merupakan metrik yang berguna untuk memperkirakan tingkat penularan seseorang. Selain itu, para peneliti menerapkan temuan mengenai ambang viral load minimum yang biasanya diperlukan untuk isolasi SARS-CoV-2 yang berhasil dalam kultur sel (di mana isolasi menunjukkan adanya virus menular). Sampel berurutan tersedia untuk lebih dari 4.300 kasus yang diteliti. Dengan menggunakan ini untuk melacak data viral load tenggorokan dari waktu ke waktu, para peneliti dapat membuat model perkembangan viral load yang khas selama infeksi. Para peneliti kemudian mencari perbedaan yang signifikan dalam data mereka, khususnya dalam kaitannya dengan kelompok usia yang berbeda, tingkat keparahan penyakit, dan varian virus.

Tidak ada perbedaan mencolok dalam tingkat viral load yang dicatat di antara orang SARS-CoV-2-positif berusia antara 20 dan 65 tahun, sampel usap tenggorokan rata-rata mengandung sekitar 2,5 juta salinan genom SARS-CoV-2. Viral load ditemukan paling rendah pada anak-anak yang sangat muda (0 sampai 5 tahun). Tingkat dimulai pada sekitar 800.000 salinan genom virus, meningkat seiring bertambahnya usia, dan mendekati tingkat dewasa pada anak-anak dan remaja yang lebih tua.

“Sementara angka-angka ini terlihat sangat berbeda pada pandangan pertama, penting untuk diingat bahwa hasil viral load ditampilkan dalam skala logaritmik,” kata Drosten. “Perbedaan viral load yang ditemukan pada anak bungsu, pada kenyataannya, hampir di bawah ambang batas yang biasanya kami anggap relevan secara klinis. Yang terpenting, orang juga harus memahami bagaimana kita sampai pada nilai-nilai ini dan mempertimbangkannya saat menafsirkannya. "

Ketika membandingkan viral load puncak dalam sampel laboratorium, para peneliti memperkirakan tingkat infektivitas pada anak-anak termuda (0 sampai 5 tahun) sekitar 80% dari yang ditemukan pada orang dewasa. Nilai untuk anak usia sekolah dan remaja ditemukan mendekati nilai orang dewasa. “Ini menunjukkan bahwa viral load tidak berbanding lurus dengan infektivitas dan tidak dapat diubah secara langsung,” jelas Drosten. Dia menambahkan: “Bahkan perkiraan infektivitas berbasis data ini harus dikoreksi ke atas karena metode pengumpulan sampel yang berbeda digunakan pada anak-anak. Semua ini merupakan bagian dari penilaian keseluruhan ahli virologi klinis. Asumsi awal saya, bahwa semua kelompok usia memiliki tingkat infektivitas yang kira-kira sama, telah dikonfirmasi, baik oleh penelitian ini maupun oleh penelitian lain. "

Perbandingan berdasarkan gejala mengonfirmasi pengamatan yang sebelumnya dilakukan pada kasus COVID-19, yaitu bahwa bahkan orang tanpa gejala dapat memiliki viral load yang sangat tinggi. Orang yang membutuhkan rawat inap ditemukan memiliki viral load lebih tinggi dibandingkan orang lain selama masa penyakit. Berdasarkan model viral load baru mereka dari waktu ke waktu, para peneliti memperkirakan bahwa orang yang terinfeksi SARS-CoV-2 mencapai tingkat viral load puncak di tenggorokan mereka sedini 1 hingga 3 hari sebelum timbulnya gejala.

Kira-kira 9% dari kasus COVID-19 yang dites menunjukkan viral load yang sangat tinggi yaitu satu miliar eksemplar per sampel atau lebih tinggi. Lebih dari sepertiga dari individu yang berpotensi sangat menular ini tidak memiliki gejala atau hanya gejala ringan. “Data ini memberikan landasan virologi untuk gagasan bahwa minoritas individu yang terinfeksi menyebabkan mayoritas dari semua penularan,” jelas Drosten. Dia menambahkan: "Fakta bahwa ini mencakup begitu banyak orang tanpa gejala yang relevan menggarisbawahi pentingnya tindakan pengendalian pandemi seperti jarak sosial dan wajib memakai topeng."

Dalam sampel yang dikumpulkan dari orang yang terinfeksi dengan varian B.1.1.7 ("Inggris" atau "Inggris"), viral load rata-rata ditemukan meningkat dengan faktor sepuluh, sementara perkiraan infektivitas berbasis laboratorium meningkat dengan satu faktor. dari 2.6. Untuk sampai pada data ini, para peneliti mengambil data viral load dari sekitar 1.500 kasus yang terinfeksi B.1.1.7 dan membandingkannya dengan data dari sekitar 1.000 orang yang terinfeksi dengan varian lain yang telah dites di pusat pengujian yang sama, bagian rawat jalan, dan bangsal klinis sekitar waktu yang sama.

"Studi laboratorium mungkin belum dalam posisi untuk memberikan penjelasan yang pasti," tambah Drosten, "tetapi satu hal yang jelas: B.1.1.7 lebih menular daripada varian lain."
Selengkapnya
8:15 AM

Contact Form

Name

Email *

Message *