Kit Isolasi cfDNA: Kunci Keberhasilan Biopsi Cair dalam Diagnosis Molekuler Modern

Table of Contents

 

INFOLABMED.COM - Dalam era diagnostik molekuler yang mengandalkan biopsi cair, kualitas hasil analisis sangat bergantung pada tahap paling kritis: isolasi. 

Kit isolasi cfDNA (cell-free DNA) adalah rangkaian reagen dan komponen khusus yang dirancang untuk memurnikan fragmen DNA kecil yang beredar dalam plasma darah secara efisien dan konsisten. 

Baca Juga: Jenis Spesimen untuk Isolasi DNA: Panduan Lengkap untuk Diagnostik Genetik

Pemilihan kit isolasi cfDNA yang tepat bukan hanya soal teknik, tetapi merupakan fondasi utama keberhasilan aplikasi klinis berikutnya, seperti deteksi dini kanker, NIPT (Non-Invasive Prenatal Testing), dan pemantauan terapi.

Mengapa Isolasi cfDNA Memerlukan Kit Khusus?

cfDNA memiliki karakteristik yang sangat berbeda dengan DNA genomik intraseluler, sehingga memerlukan pendekatan isolasi yang spesifik:

• Konsentrasi Sangat Rendah: cfDNA hanya构成 (menyusun) sebagian kecil dari total DNA dalam plasma.
• Fragmen Pendek: Ukurannya terutama berkisar antara 150-180 base pair (sesuai dengan panjang DNA yang terikat pada nukleosom), jauh lebih pendek dari DNA genomik.
• Labil dan Mudah Terdegradasi: cfDNA dapat dengan cepat terdegradasi oleh nuklease yang ada dalam darah jika sampel tidak ditangani dengan benar.

Oleh karena itu, kit isolasi cfDNA dirancang secara khusus untuk menangkap dan memurnikan fragmen DNA pendek ini dengan efisiensi tinggi sambil menghilangkan inhibitor seperti hemoglobin, ion, dan protein yang dapat mengganggu analisis downstream seperti PCR dan sequencing.

Prinsip Kerja Kit Isolasi cfDNA

Sebagian besar kit isolasi cfDNA di pasaran menggunakan prinsip dasar yang sama:

1. Pengikatan Selektif (Binding): cfDNA diikat secara selektif ke sebuah matriks, biasanya silika. Dalam kondisi buffer tertentu (dengan konsentrasi garam tinggi dan pH tertentu), cfDNA akan menempel pada partikel magnetik atau kolom silika.
2. Pencucian (Washing): Pengotor seperti protein, metabolit, dan garam dicuci bersih dengan buffer ethanol yang telah diformulasi khusus tanpa melepaskan cfDNA yang telah terikat.
3. Elusi (Elution): cfDNA murni kemudian dilepaskan (dielusi) dari matriks menggunakan buffer dengan pH rendah atau air nuclease-free, siap untuk dianalisis lebih lanjut.

Jenis-Jenis Metode dalam Kit Isolasi cfDNA

• Berdasarkan Matriks Pengikat:

  • Kit Berbasis Kolom Silika: cfDNA terperangkap dalam membran silika di dalam kolom spin. Metode ini handal dan banyak digunakan.
  • Kit Berbasis Partikel Magnetik (Bead-Based): Partikel magnetik yang dilapisi silika digunakan untuk mengikat cfDNA. Proses pencucian dan elusi dilakukan dengan bantuan magnet, sehingga otomasi menjadi lebih mudah dan cepat. Ini adalah metode pilihan untuk throughput tinggi.

• Berdasarkan Volume Input:

  • Kit tersedia untuk berbagai volume plasma mulai dari 1 mL hingga 5 mL atau lebih. Volume input yang lebih besar umumnya dapat meningkatkan yield cfDNA yang didapat, sangat penting untuk mendeteksi target dengan kelimpahan sangat rendah seperti ctDNA.

Tips Memilih Kit Isolasi cfDNA yang Tepat

1. Efisiensi Isolasi (Yield): Kemampuan kit untuk mendapatkan jumlah cfDNA sebanyak mungkin dari volume plasma tertentu.
2. Kemurnian (Purity): Kemampuan kit menghasilkan cfDNA dengan sedikit kontaminasi inhibitor (diukur dari rasio absorbansi A260/A280 yang ideal ~1.8-2.0).
3. Konsistensi dan Reproduksibilitas: Hasil yang konsisten dari waktu ke waktu dan antar sampel sangat kritis untuk aplikasi diagnostik.
4. Kemudahan Penggunaan dan Otomasi: Pertimbangkan apakah protokolnya manual atau kompatibel dengan automated liquid handler untuk meningkatkan throughput dan mengurangi kesalahan.
5. Aplikasi Downstream: Pastikan kit tersebut kompatibel dengan aplikasi akhir Anda, apakah itu qPCR, digital PCR, atau Next-Generation Sequencing (NGS).

Pra-Analitik: Tahap Penting Sebelum Isolasi

Keberhasilan isolasi dengan kit isolasi cfDNA apa pun sangat bergantung pada penanganan sampel pra-analitik:

• Pengambilan Darah: Gunakan tabung stabilizer khusus seperti tabung EDTA atau tabung cell-free DNA (ctDNA) yang mengandung bahan pengawet untuk mencegah lisisnya sel darah putih yang akan mencemari sampel dengan DNA genomik.
• Pemrosesan Plasma: Darah harus disentrifugasi dua tahap (untuk memisahkan plasma dari sel darah) dalam waktu singkat (biasanya dalam 2-6 jam) setelah pengambilan untuk meminimalkan kontaminasi.
• Penyimpanan: Plasma harus segera dibekukan pada -80°C jika tidak akan segera diisolasi.

Kit isolasi cfDNA adalah gerbang menuju dunia biopsi cair yang andal. 

Baca Juga: Langkah Kerja Isolasi DNA dari Spesimen Manusia dan Mikroorganisme

Investasi dalam pemilihan kit yang tepat, diikuti dengan penanganan sampel yang cermat, akan menghasilkan material berkualitas tinggi yang siap mentransformasi diagnosis dan pemantauan penyakit. 

Memahami prinsip dan kriteria pemilihan kit isolasi cfDNA merupakan langkah pertama yang fundamental bagi setiap laboratorium yang ingin memasuki ranah diagnostik molekuler modern yang non-invasif.

---

Follow Media Sosial Infolabmed.com melalui chanel Telegram [Link Telegram], Facebook [Link Facebook], Twitter/X [Link Twitter]. Berikan DONASI terbaikmu untuk perkembangan website infolabmed.com melalui Donasi via DANA.