Mengenal Jenis-Jenis PCR: Dari Real-Time Hingga Digital, Mana yang Anda Butuhkan?

Table of Contents

 

INFOLABMED.COM - Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah sebuah metode revolusioner dalam biologi molekuler untuk memperbanyak (mengamplifikasi) sekuens DNA tertentu secara eksponensial dalam waktu singkat. 

Sejak ditemukan oleh Kary Mullis, teknik ini telah berkembang pesat dan melahirkan berbagai varian untuk tujuan yang lebih spesifik dan akurat. 

Baca Juga: PCR untuk Diagnosis Cacing: Revolusi Akurasi dalam Deteksi Infeksi Parasit

Memahami perbedaan dari setiap jenis PCR adalah kunci untuk memilih teknik yang paling tepat dalam diagnosis penyakit, penelitian genetika, atau bidang forensik.

Berikut adalah penjelasan mengenai beberapa jenis PCR yang paling umum dan penting untuk diketahui:

1. Conventional PCR (PCR Konvensional)

Ini adalah bentuk PCR yang paling dasar. 

Prosesnya terdiri dari tiga tahap utama: denaturasi, annealing, dan elongasi yang diulang dalam siklus. 

Hasil amplifikasi DNA (disebut amplicon) kemudian dianalisis menggunakan teknik elektroforesis gel agarosa untuk melihat ada-tidaknya pita DNA dan ukurannya. 

PCR konvensional bersifat kualitatif (menjawab "ada atau tidak"), bukan kuantitatif.

2. Real-Time PCR (qPCR - Quantitative PCR)

Real-Time PCR, atau sering disebut qPCR, adalah pengembangan PCR yang memungkinkan para ilmuwan untuk memantau proses amplifikasi DNA secara "real-time" atau langsung pada setiap siklusnya. 

Teknik ini menggunakan dye fluoresen atau probe khusus yang memancarkan sinyal fluoresens sebanding dengan jumlah DNA yang terbentuk. 

Keunggulan utamanya adalah kemampuannya memberikan data kuantitatif (berapa banyak salinan DNA target yang ada di sampel awal), memiliki sensitivitas tinggi, dan tidak memerlukan proses elektroforesis pasca-PCR sehingga lebih cepat dan meminimalisir kontaminasi.

3. Reverse Transcription PCR (RT-PCR)

RT-PCR dirancang khusus untuk mendeteksi dan memperbanyak RNA, bukan DNA. 

Teknik ini sangat penting untuk mempelajari ekspresi gen atau mendiagnosis penyakit yang disebabkan oleh virus RNA (seperti virus influenza, hepatitis C, atau SARS-CoV-2). 

RT-PCR menggabungkan dua tahap: pertama, mengubah RNA menjadi DNA komplementer (cDNA) menggunakan enzim reverse transcriptase, kemudian cDNA yang dihasilkan diamplifikasi menggunakan teknik PCR konvensional atau real-time PCR (disebut RT-qPCR).

4. Multiplex PCR

Seperti namanya, multiplex PCR memungkinkan amplifikasi beberapa sekuens DNA target yang berbeda dalam satu reaksi tunggal secara simultan. 

Setiap target dirancang dengan pasangan primer spesifik yang unik. 

Keuntungannya adalah menghemat waktu, biaya, dan jumlah sampel yang digunakan. 

Aplikasinya sangat luas, seperti dalam mendeteksi multiple patogen sekaligus, skrining mutasi gen, atau penentuan jenis kelamin pada hewan.

5. Nested PCR

Nested PCR adalah teknik yang dirancang untuk meningkatkan spesifisitas dan sensitivitas amplifikasi. 

Teknik ini melibatkan dua rangkaian primer dan dua putaran amplifikasi PCR. 

Putaran pertama menggunakan sepasang primer "outer" untuk amplifikasi awal. 

Produk dari putaran pertama ini kemudian digunakan sebagai template untuk putaran kedua yang menggunakan sepasang primer "inner" atau "nested" yang berikatan di dalam sekuens yang diamplifikasi pada putaran pertama. 

Ini sangat berguna untuk sampel dengan jumlah target yang sangat sedikit atau memiliki kemurnian rendah.

6. Digital PCR (dPCR)

Digital PCR merupakan teknologi PCR generasi ketiga yang memberikan pengukuran absolut dan sangat presisi tanpa memerlukan kurva standar. 

Pada dPCR, sampel reaksi PCR dibagi menjadi puluhan ribu partisi mikro (nanodroplet) sehingga setiap partisi mengandung nol atau satu molekul target. 

Setelah proses amplifikasi, setiap partisi dianalisis untuk menentukan apakah terjadi amplifikasi (positif) atau tidak (negatif). 

Jumlah salinan target dihitung secara statistik berdasarkan jumlah partisi positif. 

dPCR sangat powerful untuk mendeteksi sel mutan langka, validasi hasil NGS, atau deteksi variasi jumlah salinan (copy number variation/CNV).

Pemilihan jenis PCR yang tepat sepenuhnya bergantung pada tujuan dan aplikasinya. 

Mulai dari PCR konvensional untuk konfirmasi sederhana, Real-Time PCR (qPCR) untuk kebutuhan kuantifikasi, RT-PCR untuk target RNA, hingga Digital PCR untuk presisi tertinggi. 

Baca Juga: 7 Jenis PCR dan Fungsinya: Teknologi Penting untuk Diagnostik Modern

Masing-masing teknik memiliki kelebihan, kekurangan, dan kompleksitasnya sendiri. 

Pemahaman mendalam tentang prinsip kerja setiap metode akan memastikan keberhasilan dalam diagnosis dan penelitian di laboratorium.

---

Follow Media Sosial Infolabmed.com melalui chanel Telegram [Link Telegram], Facebook [Link Facebook], Twitter/X [Link Twitter]. Berikan DONASI terbaikmu untuk perkembangan website infolabmed.com melalui Donasi via DANA.