Tahap Pengerjaan Next Generation Sequencing (NGS): Panduan Lengkap dari Sampel hingga Analisis Data

Table of Contents

INFOLABMED.COM - Next Generation Sequencing (NGS) adalah teknologi canggih yang memungkinkan pengurutan DNA/RNA secara cepat dan akurat. 

Prosesnya melibatkan beberapa tahap kritis, mulai dari persiapan sampel hingga analisis data. Berikut adalah penjelasan lengkapnya.

Baca jugaa : 

1. Ekstraksi Asam Nukleat

Ekstraksi asam nukleat (DNA/RNA) adalah langkah pertama dalam NGS. Metode yang umum digunakan:

A. Silica Column (Silica-Based)

• Manual/Otomatis: Dapat dilakukan secara manual atau menggunakan alat otomatis.
• Prinsip Kerja: Asam nukleat mengikat silica gel dalam kolom, kemudian dimurnikan melalui serangkaian pencucian.

B. Magnetic Beads

• Manual/Otomatis: Juga tersedia dalam versi otomatis.
• Prinsip Kerja: Magnetic beads dilapisi molekul yang mengikat asam nukleat, memisahkannya dari komponen lain.

Prosedur Umum Ekstraksi:

1. Lysis: Sel dipecah untuk melepaskan asam nukleat.
2. Binding: Asam nukleat diikat ke silica atau magnetic beads.
3. Wash: Kontaminan dicuci untuk mendapatkan sampel murni.
4. Elution: Asam nukleat diambil untuk tahap selanjutnya.

2. Kuantifikasi

Setelah ekstraksi, konsentrasi dan kualitas asam nukleat diukur menggunakan spektrofotometer atau fluorometer.

3. Preparasi Library

Tujuan: Menyiapkan sampel DNA/RNA untuk proses sekuensing.

Proses:

Fragmentasi DNA.

Penambahan adaptor untuk pengikatan ke platform sekuensing.

Amplifikasi (PCR) untuk memperbanyak fragmen.

4. Kuantifikasi dan Pooling Library

Library diukur konsentrasinya untuk memastikan kualitas.

Beberapa library dapat digabungkan (pooling) untuk efisiensi biaya dan waktu.

5. Sekuensing

Dilakukan menggunakan platform seperti Illumina (Sequencing by Synthesis) atau Nanopore (Deteksi Perubahan Arus Ionik).

Menghasilkan jutaan hingga miliaran reads (pembacaan sekuens).

6. Analisis Data

1. Alignment: Reads disusun sesuai referensi genom.
2. Variant Calling: Identifikasi mutasi atau variasi genetik.
3. Interpretasi: Data dianalisis untuk aplikasi klinis atau penelitian.

Baca juga : Teknologi Next Generation Sequencing (NGS): Revolusi dalam Analisis Genom dan Deteksi Penyakit

Kesimpulan

Tahap pengerjaan NGS melibatkan proses kompleks namun terstruktur, mulai dari ekstraksi sampel hingga analisis bioinformatika. 

Dengan pemahaman yang baik, teknologi ini dapat dimanfaatkan untuk diagnosis penyakit, penelitian genom, dan pengembangan terapi.

Artikel ini hanya untuk tujuan informasi. Untuk nasihat atau diagnosis medis, konsultasikan dengan profesional.***