Persiapan Agarose Gel untuk Analisis DNA

Table of Contents

 

Gambar : laboratorynotes.com

INFOLABMED.COM - Agarose adalah tidak larut dalam penyangga elektroforesis berbasis air pada suhu ruangan. 

Namun, ketika suspensi agarose dalam penyangga berair (misalnya, TAE atau TBE) dipanaskan sampai mendidih, partikel agarose meleleh dan membentuk larutan kental yang jernih. 

Ketika larutan ini didinginkan, ia membentuk gel transparan yang memiliki sifat penyaringan dan memungkinkan pemisahan molekul besar seperti DNA, RNA, dan protein besar.

Menyiapkan Gel Agarose untuk Analisis DNA

1. Rentang Ukuran Fragmen DNA yang Akan Dianalisis:

   • Menentukan persentase agarose dalam gel dan jenis penyangga elektroforesis.
   • Gel agarose tinggi untuk pemisahan fragmen DNA pendek dan gel rendah untuk pemisahan fragmen DNA besar.

2. Jumlah Sampel yang Akan Dianalisis:

   • Menentukan jumlah sumur dalam gel agarose dan lebar masing-masing sumur.

3. Volume Sampel:

   • Menyesuaikan volume sumur agar cukup untuk menampung volume yang dibutuhkan dari setiap sampel.

4. Prosedur Visualisasi:

   • Menambahkan pewarna pewarna DNA dalam gel atau menghitamkan gel setelah elektroforesis.

5. Tujuan Gel:

   • Analitis atau preparatif. Jika tujuannya adalah mengambil DNA dari gel, penyangga TAE lebih baik daripada penyangga TBE.

Persyaratan dan Solusi

• Reagen dan Larutan:

  • Agarose
  • Larutan bromida etidium (10 mg/ml dalam air) atau pewarna DNA yang sesuai
  • Penyangga elektroforesis (TAE atau TBE)
  • Air deionisasi/direndam

• Alat dan Perlengkapan:

  • Nampan pengecoran gel dan sisir
  • Mikropipet dan ujungnya
  • Sarung tangan
  • Silinder pengukur
  • Microwave/Hot plate

Tujuan

Menyiapkan gel agarose 0,8% (ukuran gel - 10 cm x 12 cm x 0,4 cm) dalam penyangga TAE atau TBE.

Prosedur

Langkah 1: Timbang 0,4 g agarose dalam labu kerucut/botol. Tambahkan 50 ml penyangga TAE 1X. Biarkan agarose terhidrasi.

Langkah 2: Timbang labu/botol.

Langkah 3: Lelehkan agarose di microwave atau hot plate hingga larutan menjadi jernih. Pastikan agarose yang meleleh tampak bening tanpa partikel agarose terapung.

Langkah 4: Timbang lagi labu/botol dan selesaikan kehilangan dengan menambahkan air deionisasi/direndam.

Langkah 5: Dinginkan larutan hingga suhu mencapai 55 - 60°C.

Langkah 6 (opsional): Tambahkan bromida etidium ke dalam larutan agarose.

Langkah 7: Pasang sisir dan tuangkan larutan agarose cair ke dalam nampan pengecoran.

• Hindari sentuhan gigi sisir ke dasar nampan agar sumur tidak bocor.

Langkah 8: Tunggu hingga agarose benar-benar mengeras. Gel agarose siap digunakan.

Jumlah Agarose yang Diperlukan

Volume (ml)/Kons (%)	0,5%	0,8%	1,0%	1,2%	1,5%	2,0%
30 ml	0,15 g	0,24 g	0,3 g	0,36 g	0,45 g	0,6 g
40 ml	0,2 g	0,32 g	0,4 g	0,48 g	0,6 g	0,8 g
50 ml	0,25 g	0,4 g	0,5 g	0,6 g	0,75 g	1,0 g
100 ml	0,5 g	0,8 g	1,0 g	1,2 g	1,5 g	2,0 g
200 ml	1,0 g	1,6 g	2,0 g	2,4 g	3,0 g	4,0 g
500 ml	2,5 g	4,0 g	5,0 g	6,0 g	7,5 g	10,0 g

Dengan mengikuti langkah-langkah ini, Anda dapat dengan mudah menyiapkan gel agarose untuk analisis DNA yang efisien dan andal. Selamat mencoba!