Gel Elektroforesis Agarose untuk Analisis DNA

Table of Contents

 

Foto : biomedguide.com

INFOLABMED.COM - Gel elektroforesis DNA adalah prosedur teknis dalam biologi di mana arus digunakan untuk memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukurannya. 

Panduan Biomedis ini akan membahas konsep dasar, persiapan sampel, dan langkah-langkah pelaksanaan gel elektroforesis agarose.

Pengantar Gel Elektroforesis

Gel elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan molekul biologis berdasarkan ukuran. 

Dalam konteks analisis DNA, pola distribusi fragmen DNA pada gel dapat memberikan informasi berharga tentang urutan basa DNA.

Persiapan Sebelum Analisis Gel Elektroforesis

Sebelum menjalankan eksperimen gel elektroforesis, sampel DNA harus dikumpulkan dan diproses.

 Tahapan ini mencakup ekstraksi DNA, reaksi berantai polimerase (PCR), dan Restriction Enzyme Digest untuk menghasilkan fragmen DNA yang siap dijalankan.

• Kumpulkan sampel DNA (darah, keringat, saliva, jaringan).
• Ekstraksi DNA untuk mengisolasi DNA dari sel.
• PCR untuk memastikan jumlah DNA yang cukup.
• Restriction Enzyme Digest untuk menghasilkan fragmen DNA.

Setup Elektroforesis

Langkah selanjutnya adalah menyiapkan ruang elektroforesis. Materi dan peralatan yang diperlukan melibatkan penyiapan larutan buffer TAE, penggunaan agarose sebagai komponen padat gel, tray cetakan gel, pipet, ruang elektroforesis, dan sumber daya listrik.

• Buffer TAE digunakan sebagai komponen cair untuk membuat gel.
• Agarose, polisakarida dari rumput laut, memberikan bentuk padat pada gel.
• Tray cetakan gel dilengkapi dengan sisipan untuk memuat sampel DNA.
• Pipet dan tips digunakan untuk menangani volume kecil secara presisi.
• Ruang elektroforesis berisi gel agarose dan diisi dengan buffer TAE.
• Pasokan daya menyediakan arus untuk pergerakan DNA.

Penggunaan Agarose dalam Gel

Agarose, sebuah polisakarida dari rumput laut, memberikan gel bentuk padat dan menciptakan matriks. Molekul-molekul gula ini memperlambat pergerakan DNA, memungkinkan pemisahan berdasarkan ukuran.

Menjalankan Gel Elektroforesis

Sampel DNA dimuat pada gel elektroforesis, dihubungkan ke pasokan daya, dan diberi arus. DNA bermuatan negatif bergerak menuju elektroda positif. 

Pergerakan ini dipengaruhi oleh ukuran fragmen, dengan fragmen kecil bergerak lebih cepat.

Melihat Hasil

Untuk memvisualisasikan hasil, gel perlu diwarnai. Beberapa pewarna diterapkan setelah gel dijalankan, tetapi pewarna seperti etidium bromida umumnya ditambahkan selama proses pembuatan gel. Alternatif pewarna yang lebih aman kini tersedia.

Apa itu DNA Ladder?

DNA ladder adalah sampel fragmen DNA dengan panjang yang diketahui. Digunakan sebagai patokan untuk menentukan ukuran fragmen dalam sampel eksperimental.

FAQ & Tinjauan Gel Elektroforesis DNA

Terbuat dari apakah gel DNA dan mengapa itu penting?

Gel DNA terbuat dari polisakarida yang ditemukan dalam rumput laut yang disebut agarosa. Gel agarosa memenuhi berbagai karakteristik termasuk stabilitas fisik dan termal. Ciri penting lainnya adalah pori-pori yang tercipta saat gula mengeras menjadi gel. Matriks ini menyediakan struktur yang memungkinkan pemisahan molekul DNA dengan berbagai ukuran, karena molekul yang lebih besar akan membutuhkan waktu lebih lama untuk bergerak melalui matriks.

Apa tujuan sumur DNA dalam gel?

Sumur tersebut menampung sampel DNA di tempatnya. Selama elektroforesis, DNA akan berpindah ke dalam gel, menuju elektroda positif.

Mengapa DNA bermuatan negatif?

Muatan negatif DNA berasal dari adanya fosfat dalam tulang punggung gula-fosfatnya. Atom oksigen bertulang tunggal di PO4 kemungkinan besar akan menyumbangkan ion hidrogennya, sehingga DNA bersifat asam. Hal ini meninggalkan oksigen dengan pasangan elektron bebas dan menghasilkan DNA yang membawa muatan negatif bersih.

Ke arah manakah DNA akan bergerak selama elektroforesis?

Kita tahu bahwa DNA mempunyai muatan negatif bersih. Di ruang elektroforesis kita memiliki elektroda positif (katoda) dan elektroda negatif (anoda). Oleh karena itu, DNA yang bermuatan negatif akan bergerak menuju katoda.

Gel elektroforesis agarose adalah teknik penting dalam analisis DNA. Dengan langkah-langkah yang tepat, kita dapat memisahkan dan menganalisis fragmen DNA, memberikan wawasan mendalam tentang informasi genetik.***