Mengenal Teknik Isolasi DNA Metode CTAB (Cethyl-Trimethyl-Ammonium-Bromide)

Table of Contents

 

Sumber: Canva

INFOLABMED.COM - Tahapan awal yang diperlukan dalam mengindentifikasi sampel secara molekuler yaitu isolasi DNA.

Isolasi DNA adalah teknik pemisahan DNA dari komponennya (lipid, protein, dan polisakarida).

Umumnya terdapat berbagai jenis teknik isolasi DNA yang dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler.

Beberapa teknik isolasi DNA telah dikembangkan baik secara konvensional maupun kit yang telah dikembangkan secara komersial (Bohme et al. 2019).

Salah satu jenis metode isolasi DNA yang sering digunakan yaitu isolasi DNA Metode CTAB (Cethyl-Trimethyl-Ammonium-Bromide).

Isolasi DNA Metode CTAB adalah metode isolasi DNA konvensional yang masih digunakan secara luas sampai saat ini.

Dalam metode ini, senyawa CTAB digunakan sebagai agen detergen yang dapat mendegradasi dinding sel, mendenaturasi protein, memisahkan karbohidrat, merusak membran sel, dan melarutkan DNA.

Umumnya metode ini digunakan dalam ekstraksi DNA genom tanaman yang mengandung banyak polisakarida dan senyawa polifenol.

Hal ini dikarenakan senyawa CTAB termasuk jenis surfaktan kationik yang digunakan untuk pelisisan dinding sel tanaman.

Ketika CTAB ditambahkan, seluruh komponen sel keluar termasuk DNA.

Kemudian DNA dipisahkan ke dalam larutan buffer ekstraksi, lalu DNA diikat dari fase aqueous dengan presipitasi ethanol. Sehingga, DNA dapat diisolasi dari komponen sel lainnya.

Prinsip isolasi DNA Metode CTAB meliputi tahapan proses pelisisan sel, ekstraksi, presipitasi, dan purifikasi DNA.

Metode ini memiliki kelebihan yaitu tidak membutuhkan biaya yang mahal dibandingkan menggunakan metode kit.

Selain itu, metode ini juga memiliki kemampuan melisiskan yang kuat dan memudahkan mempresipitasi protein dan debris sel, sehingga dapat menghasilkan konsentrasi DNA yang tinggi.

Adapun kekurangan metode CTAB yaitu membutuhkan waktu yang relatif lama dan hasil yang diperoleh tergantung pada jenis sampel yang digunakan.

Produk isolasi DNA yang berkualitas baik ditunjukkan dengan pita DNA yang terlihat tebal dan bersih saat divisualisasikan menggunakan teknik elektroforesis.

Setelah proses elektroforesis dan dihasilkan pita DNA yang berkualitas, kemudian dilanjutkan proses PCR.

Polymerase Chain Reaction (PCR) yaitu metode in vitro yang secara cepat dapat memperbanyak sekuen-sekuen DNA target yang ada di dalam DNA total.

Keberhasilan proses isolasi DNA ditentukan oleh kuantitas dan kualitas kemurnian DNA yang dihasilkan (Chowdhury et al. 2016; Hu et al. 2015).

Oleh karena itu, dalam melakukan isolasi DNA, kita harus memperhatikan faktor-faktor yang dapat mempengaruhi hasil prosuk isolasi DNA, salah satunya pemilihan metode yang tepat agar memperoleh isolat DNA yang memiliki kemurnian dan kualitas baik.

 

Sumber:

Bohme K, Calo-Mata P, Barros-Velazques J, Ortea I. 2019. Review of recent DNA-based methods for main food authentication topics. Journal of Agriculture and Food Chemistry. 67: 3854−3864.

Chowdhury MM, Rahman AS MS, Nahar L, Rahman M, Al Reza H, Ahmed MS. 2016. Efficiency of different DNA extraction methods for fish tissues: A comparative analysis. IOSR Journal of Pharmacy & Biologocal Science. 11(3): 11-15.

Maharani Pertiwi. BIOLOGI MOLEKULER II. Buku Modul Praktikum Mata Kuliah Biologi Molekuler. UNUSA Press, Surabaya.

Sundari. Pengembangan Protokol Isolasi DNA Genom Tanaman Durian Dengan Menggunakan Modifikasi Bufer CTAB. JURNAL TECHNO (JURNAL ILMU EKSAKTA), Volume 06 Nomor 02 Oktober 2017. 

Ikuti berita terkini dengan mengikuti kami di Google News atau klik tautan ini Google News INFOLABMED.