Jenis-jenis PCR yang Perlu Anda Ketahui untuk Keperluan Diagnostik

Table of Contents

 

Sumber : Canva

INFOLABMED.COM - Dalam dunia diagnostik, metode Polymerase Chain Reaction (PCR) telah menjadi sarana yang sangat penting dalam mendeteksi dan mengidentifikasi berbagai mikroba serta materi genetik. 

PCR merupakan teknik yang memungkinkan penggandaan DNA secara cepat dan spesifik, sehingga sangat berguna dalam bidang kedokteran dan penelitian ilmiah. 

Dalam artikel ini, kami akan menjelaskan beberapa jenis PCR yang perlu Anda ketahui untuk keperluan diagnostik yang lebih baik.

PCR Spesifik

PCR spesifik adalah pendekatan PCR yang paling sederhana dan dirancang untuk mendeteksi mikroba target tertentu. 

Dalam PCR spesifik, primer dirancang untuk berkomplementer dengan target DNA yang diketahui dan spesifik untuk mikroba yang sedang diuji. 

Primer harus dirancang sedemikian rupa sehingga mereka sangat spesifik untuk mikroba yang ditargetkan. 

Hasil dari PCR spesifik ini digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi langsung mikroba target. Metode ini merupakan yang paling umum digunakan dalam diagnosis penyakit menular. 

Mikroorganisme seperti Mycobacterium tuberculosis, pneumokokus, meningokokus, dan Burkholderia cenocepacia dapat diidentifikasi dengan menggunakan PCR spesifik.

Reverse Transcriptase PCR (RT-PCR)

Dalam Reverse Transcriptase PCR atau RT-PCR, sebuah untai RNA awalnya diubah menjadi DNA komplementer atau cDNA menggunakan enzim reverse transcriptase.

cDNA yang dihasilkan kemudian diperbanyak lagi dengan menggunakan PCR. Tahap transkripsi balik dapat dilakukan baik dalam tabung yang sama dengan PCR (PCR satu langkah) atau dalam tabung yang terpisah (PCR dua langkah) tergantung pada sifat enzim reverse transcriptase yang digunakan. 

RT-PCR digunakan untuk mendeteksi virus RNA dalam sampel klinis dan dalam studi ekspresi gen.

PCR Multiplex

PCR multiplex merujuk pada penguatan secara bersamaan dari beberapa wilayah target yang dipilih dalam sebuah sampel menggunakan pasangan primer yang berbeda.

 Dalam versi ini, beberapa pasangan primer digunakan dalam campuran penguatan untuk memfasilitasi deteksi beberapa target. 

Produk penguatan akhirnya dibedakan dengan elektroforesis gel, oligoprob spesifik urutan atau dalam format waktu nyata, dengan analisis kurva peleburan. 

Karena PCR multiplex dapat digunakan untuk mendeteksi beberapa gen yang diminati dalam satu spesimen, metode ini dapat meminimalkan jumlah reaksi terpisah dan membantu menghemat waktu, reagen, serta sampel dengan volume terbatas.

PCR Bertingkat

PCR bertingkat melibatkan dua reaksi PCR berturut-turut, di mana produk penguatan dari reaksi PCR pertama digunakan sebagai template untuk PCR kedua. 

Salah satu dari primer (PCR semi-tingkat) atau kedua primer (PCR bertingkat) yang digunakan dalam PCR kedua dapat berbeda dari primer yang digunakan dalam PCR pertama.

 Metode ini digunakan untuk mendeteksi organisme yang hadir dalam jumlah salinan rendah dalam sampel, dan memiliki manfaat sensitivitas dan spesifisitas yang ditingkatkan, yang terakhir juga berasal dari template yang lebih bersih yang disediakan oleh penguatan pertama.

PCR In-situ

Reaksi amplifikasi PCR berlangsung di dalam sel yang sering kali diperbaiki pada sebuah slide. Metode ini dapat digunakan untuk mendeteksi asam nukleat dalam sampel jaringan kecil. 

Campuran master PCR diterapkan langsung pada sampel pada slide, kemudian keduanya ditutupi dengan penutup, dan yang terakhir dikenai amplifikasi dalam termocycler dengan adaptor slide atau adaptor in-situ.

PCR Real Time

Metode PCR Real Time digunakan untuk mendeteksi dan mengukur produk PCR yang diperbanyak seiring berlangsungnya reaksi secara "real time." 

Pendekatan PCR ini didasarkan pada penyertaan pewarna fluoresen di mana peningkatan sinyal fluoresensi, yang dihasilkan selama PCR, berbanding lurus dengan jumlah produk PCR. 

Modifikasi ini menghindari kebutuhan akan langkah deteksi amplikon terpisah, dengan menerapkan teknologi deteksi amplikon fluoresen (menggunakan pewarna DNA-interkalasi seperti SYBR Green atau kimia oligonukleotida spesifik urutan seperti prob TaqMan). 

Di sini, molekul fluoresen yang ditambahkan ke campuran PCR menghasilkan sinyal fluoresen yang dideteksi secara bersamaan dengan perkembangan penguatan.

 SYBR Green berfluoresen saat mengikat ke DNA beruntai ganda. Ketika DNA denaturasi, SYBR Green dilepaskan menyebabkan penurunan fluoresensi. 

Saat produk PCR lebih banyak dihasilkan, SYBR Green mengikat lebih banyak DNA beruntai ganda menyebabkan peningkatan fluoresensi yang dideteksi oleh mesin.

Jadi, demikianlah beberapa jenis PCR yang memiliki peran penting dalam diagnostik dan penelitian. Dengan pemahaman yang lebih mendalam tentang masing-masing jenis PCR ini, 

Anda dapat memilih metode yang paling sesuai untuk keperluan spesifik Anda. Dengan informasi yang lengkap dan tepat, Anda dapat memaksimalkan potensi PCR dalam mendukung upaya diagnostik dan penelitian Anda.

 Teruslah belajar dan mengembangkan pengetahuan Anda tentang teknologi ini, agar Anda dapat memanfaatkannya secara optimal dalam berbagai bidang.***

Sumber : 

• Sarkinfada, F, dkk. 2014. APPLICATIONS OF MOLECULAR DIAGNOSTIC TECHNIQUES FOR INFECTIOUS DISEASES. Bayero Journal of Pure and Applied Sciences, 7(1): 37 – 45. 

Ikuti berita terkini dengan mengikuti kami di Google News atau klik tautan ini Google News INFOLABMED.